1891-1902. О назначении доцента СПб. Духовной Академии Е. Аквилонова сверхштатным членом Учебного Комитета, состоящего при собственной ЕИВ Канцелярии по учреждениям Императрицы Марии //РГИА. Ф.759. Оп.43. Д.836.
1900. Дело об утверждении в звании экстраординарного профессора Санкт-Петербургской Духовной Академии, доцента, священника Евгения Аквилонова: 31.01–14.02.1900 //РГИА. Ф.796. Оп.181. Д.300.
1903. Дело о переводе священника церкви Воронежского дисциплинарного батальона и благочинного 1-й бригады Кавалерийского запаса Василия Ягодина к церкви 221 Троицко-Сергиевского полка, на его место священника церкви Кавалергардского полка Анатолия Замараева с званием благочинного 1-й бригады Кавалерийского запаса и о назначении на место последнего протоиерея Санкт-Петербургской Входоиерусалимской церкви Евгения Аквилонова //РГИА. Ф.806. Оп.4. Д.4400.
1905. - Дело о соискании премии митрополита Макария за диссертацию Е.П. Аквилонова «О физико-телеологическом доказательстве бытия Божия//РГИА. Ф.802. Оп.10. Д.91. Лл.7-12, 118-120.
1905-1907. Отзыв проф. В.И. Несмелова и краткое резюме В.С. Серебреникова о сочинении проф. Е.П. Аквилонова по вопросу о физико-телеологическом доказательстве бытия Божия //РГИА. Ф. 802. Оп.10. Д.91. I. Лл. 118-119.
1907. Письмо Е. П. Аквилонова А. Ф. Левашевой от 15.11.1907 // ОР РНБ. Ф.1000. Оп.1. Д.12.
1910. О смерти Протопресвитера Военного и морского духовенства А.А. Желобовского и назначении Е.П. Аквилонова Протопресвитером //РГИА. Ф.806. Оп.5. Д.7253.
1910. О поездке Протопресвитера военного и морского духовенства Е. П. Аквилонова в г. Ригу на торжество освящения памятника императору Петру I //РГИА. Ф.806. Оп.5. Д.7302.
1911. Об увольнении Протопресвитера Военного и Морского духовенства Е. П. Аквилонова по болезни в двухмесячный отпуск и о назначении на время его отпуска и.о. Протопресвитера Председателя Духовного правления настоятеля Сергиевского Всей Артиллерии собора протоиерея Иоанна Морева: 11.03.1911–30.03.1911 //РГИА. Ф.806. Оп.5. Д.7652.
1911. О смерти Протопресвитера Военного и Морского духовенства Е. П. Аквилонова, о назначении на его место Протоиерея Императорской Николаевской военной Академии Георгия Шавельского и на его место священника СПб епархии Николая Подосенова: 30.03.1911–06.11.1915 //РГИА. Ф. 806. Оп.5. Д.7666.
1910-1911. Частная переписка Протопресвитера //РГИА. Ф.806 Оп.5 Д.7125.
1903-1910. Личное дело законоучителя Историко-филологического института Е.П. Аквилонова //ЦГИА СПб. Ф.53. Оп.1. Д.3086.
О бракосочетании М.Е. Аквилоновой с П.В. Латышевым, пригласительный билет от 10.11.1913 // Ф.922. Оп.1. Д.843. Лл.109-110.
Помимо этого, в фонде 802 РГИА Учебного комитета при Синоде 802 найдены следующие материалы, в которых упоминается Е.П. Аквилонов:
- Формулярные списки о службе преподавателей и служителей духовных заведений: Абашидзе-Васильев;
- Учетные листки окончивших духовные заведения;
- Послужной список Е.П. Аквилонова, доцента по кафедре СПбДА по кафедре Введения в курс богословских наук.